Filippo Magnini è nato a Pesaro il 2 Febbraio 1982 e vive a Roma. Appartiene alla società Larus Nuoto di Roma, ed è allenato da Claudio Rossetto.
Cresciuto nella Vis Sauro Nuoto di Pesaro con il tecnico Guidetti, a sedici anni ha vinto i primi titoli nella specialità rana, partecipando alle prime competizioni internazionali. Dopo aver preso il diploma di Geometra, nel 2001 si è trasferito a Torino (decisione nella società Rari Nantes, e guidato dal tecnico Rossetto è passato dalla rana allo stile libero.
Dopo aver vinto alcuni titoli nazionali, nel 2004 Filippo ha partecipato alle Olimpiadi di Atene, conquistando una storica medaglia di bronzo con la staffetta italiana 4x200 metri stile libero. In quell'anno seguendo l'allenatore Rossetto ha lasciato Torino per Roma, conquistando tre titoli europei a Madrid, e l'anno seguente a Montreal è arrivata la consacrazione, conquistando il titolo di campione del mondo dei 100 stile libero con il secondo tempo di ogni epoca.
